После прихода войска чешского короля Пржемыслота Отакара II, которые были приглашены польским монархом «для борьбы с язычниками» и явились на помощь рыцарям, побившимся с местным населением, в начале сентября 1255 года на вершине высокого правого берега в нижнем течении реки Преголь возник замок, заложенный рыцарями Тевтонского ордена на месте разрушенного прусского города.
В начале своего существования замок был построен из дерева, однако с 1257 года началось возведение каменного, точнее, кирпичного замка.
В 1260 году во время великого прусского восстания несколько племен осадили замок, но им не удалось взять его. Попытки различных прусских племен разрушить замок безуспешно повторялись в 1263 и 1273 годах.
С течением времени на завоеванные земли стали приезжать немецкие колонисты, которые постепенно слились с местным прусским населением, утратив свой язык и культуру в процессе практической ассимиляции. К концу XVI века пруссы составляли лишь около 20% населения Кёнигсберга.
Вокруг замка возникло поселение, которое также стало известно как Кёнигсберг. Поселению было присвоено городское право на основе Кульмского права ландмейстером Пруссии Конрадом фон Тирбергом 28 февраля 1286 года.
В связи с ограничением роста Кёнигсберга городскими стенами вокруг начали развиваться другие поселения, привлеченные к преимуществам близости к городу и замку. Пищевые предпочтения жителей города того времени можно узнать из кулинарной книги Тевтонского ордена.
В 1300 году поселение Лёбенихт также получило статус города. Несмотря на их административную независимость, фактически оба города составляли единое целое. Этот двойной город также стал известен как Кёнигсберг, с первоначальным названием Альтштадт, что переводится как «Старый Город» Кёнигсберга, для предотвращения путаницы.
Первое упоминание о строительстве Кафедрального собора относится к 1333 году. Собор находится в центре города на острове Канта, ранее известном как Кнайпхоф.
Третьим поселением в Кёнигсберге, получившим статус города, стал Кнайпхоф в 1327 году. Он был отделен от Альтштадта рукавом реки Преголь и расположен на одноименном острове. Фактически он также был частью Кёнигсберга.
После Тринадцатилетней войны (1454—1466 годы) Тевтонский орден признал себя вассалом Польши и переместил свою столицу в Кёнигсберг из Мариенбурга (современный Мальборк в Польше). В 1525 году Великий магистр Тевтонского ордена Альбрехт преобразовал теократическое государство в светское Прусское герцогство, подчиненное Польше, и сам стал герцогом. Столицей нового государства стал Кёнигсберг.
В 1523 году при поддержке герцога Альбрехта в Лёбенихте была основана первая типография в Кёнигсберге, где в 1524 году была напечатана первая книга. Экономическую базу типографии составляли заказы герцогского двора, церквей, городской администрации, а позднее и университета.
В 1544 году был основан Кёнигсбергский университет, позднее названный «Альбертиной» в честь герцога Альбрехта.
С 1466 по 1657 годы Кёнигсберг был владением Польского королевства.